Jan Carlos Vargas ocupa la demarcación de central y es internacional por la selección de Panamá con los que ha disputado 10 partidos, quedándose a las puertas de participar en el Mundial de 2018, aunque sí llegó a participar en las eliminatorias previas. También ha participado en competiciones continentales de máximo nivel, tanto de clubes como de selecciones, como la Copa de Oro de Centroamérica, CONCACAF Champions League (ocho encuentros con el Tauro FC) y la Copa Libertadores con el Deportivo Táchira de Venezuela. En este club fue el único jugador que disputó todos los minutos en Libertadores y en la liga local aquella temporada.
Con el Tauro FC, uno de los clubes más laureados del fútbol panameño, ha sido el central titular en los últimos cuatro campeonatos nacionales que ha obtenido (2013, 2017, 2018 y 2019), el primero de ellos cuando tan solo tenía 17 años.
Se trata de un jugador aguerrido, inteligente, muy regular, rápido, con buen trato en la salida de balón y que se puede adaptar a los dos perfiles de central.
Ongi etorri zure etxera Jan Carlos!
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 Cesión de Jan Carlos Vargas al Barakaldo CF){kind=link}